Skrill velja za eno najbolj varnih plačilnih sredstev za uporabnike stavnih strani in spletnih igralnic. Prav tako se pogosto uporablja za plačevanje izdelkov in storitev v spletnih trgovinah. Varnost in zaščito podatkov uporabnikov zagotavljajo britanski regulatorji. Uporabniki lahko dodatno zaščitijo svoj račun z aktivacijo dvostopenjske avtentikacije.